是的，如果员工在北京子公司和香港母公司各发一部分工资，他的个税一般只代扣代缴北京部分。由于中国实行了国土原则，即所得税应当在依法设立的办税机关所在地（即mainland China）缴纳，因此，员工应该在主要工作地点（北京）缴纳个税。此外，如果员工具备税收双重征管条件，则需要向税务机关申报，由税务机关做出决定。 拓展知识：跨境职工的税务处理规定，除国家税务总局公布的特殊税收协定外，税务部门还制定了《跨境职工完税服务指南》，明确规定跨境服务人员应当缴纳主要工作地所得税，按照税收惯例缴纳双重征管税款。