处理工程开票金额大于工程结算金额的方法是：1、首先，当事双方须就开票金额的增减及原因做出约定；2、如果双方尚未确定，则应对收款方发票金额进行调整；3、如果双方无法达成一致意见，则可以将多余的金额存入合同约定的双方协商处理账户或合同规定的仲裁机构账户进行存放。 拓展知识：在发票开具时，应当按照《中华人民共和国发票管理条例》的规定，遵循甲乙双方的实际情况进行开票，不得弄虚作假，更不得有任何形式的逃漏税、骗票行为，否则将会构成犯罪行为，受到法律的惩处。