履约保证金可以从工程款里扣除，但需要经过协商后的双方签字确认。履约保证金是政府和企业之间签订的一种合同，用于保证企业有能力按照合同规定完成相关工作，并能按时交付成果物。缴纳履约保证金可以在双方合同期间内进行调整，如果企业没有按照合同条款履行义务，政府有权利从工程款中扣除履约保证金。 拓展知识：履约保证金通常有两种形式：一种是保证金，另一种是信用证。保证金是企业向政府担保其履行合同义务的财务责任，而信用证是银行凭借企业的担保发放的若干数额的保证金。