房地产企业购地保证金下账应该根据合同约定的购地保证金金额，减少应付款项的金额。在完成购地项目，根据约定对购房保证金进行下账时，应当分别扣除各项费用。一般情况下，应该先扣除施工和管理成本等费用，其次退还给买方。当出现超过余额的支出情况时，需要企业和买方协商确定供货方应该垫付的部分。例如，某公司购地时向开发商付了200万元的保证金，施工和管理成本达到150万元，最终房屋交付开发商后保证金退还50万元，开发商需要支付买家50万元。