分公司员工工资的账务处理应从总公司发放工资开始。首先，在总公司进行工资发放时，应当做好发放凭证，在总公司记账时，应当将发放凭证登记在财务账簿中。其次，在分公司进行工资核算时，应当将总公司的工资发放凭证和分公司的工资计算单作为核算依据，将发放金额登记在分公司的账簿上，同时也要对工资发放金额和总公司的发放凭证进行对比，以确保工资发放准确无误。最后，在分公司记账完毕后，应当将账簿中的发放记录及时上报总公司，以便总公司对分公司工资发放进行审核和控制。