如果不能收回发票的预付账款，那么最好的办法就是先要求对方支付欠款，如果对方拒绝，则可以采取法律途径，向法院提出诉讼，要求支付欠款。例如：A公司向B公司购买了一定数量的原料，并向B公司支付了预付账款，但B公司未能按照约定的时间交货，A公司便要求收回预付账款，但B公司拒绝支付，此时A公司可以采取法律途径，向当地法院提起诉讼，要求支付欠款，以此维护公司的合法权益。