机动车发票抵扣联要盖章，主要是为了证明机动车购置税已经发生，也就是所谓的“发票种类证明”。具体来讲，持机动车发票抵扣联到财政专户的银行，财政部门将盖机动车发票抵扣联的章，证明机动车购置税已由有关缴纳机构收取，并通过财政系统办理了抵扣手续，取得抵扣准许证明。机动车发票抵扣联带上财政部门盖章，方可向财政专户的银行进行抵扣申请，以确保机动车购置税已经发生。