对于普通发票系统自动项目生成分类，要作废与否，应该根据实际情况来判断。如果此项目生成分类存在严重的误差和不合理的情况，不能够有效的体现发票的真实性，那么就需要作废这种自动项目生成分类，采用新的规范来升级普通发票系统。如果普通发票系统自动项目生成分类能够准确、及时地反映发票详细信息，给予纳税人有效的发票查询，那么就不需要作废它。另外，普通发票系统本身也应该有可持续优化升级的能力，定期对这一分类进行检测和修正，从而满足发票查询的需求。总之，是否作废普通发票系统自动项目生成分类，应根据发票查询的要求和误差情况来判断。