要处理费用已发生未支付、尚未收到发票的情况，首先我们需要进行明确判断：是已发生的费用被错误支付，还是还未支付，还是尚未收到发票？ 如果是费用被错误支付，则应及时向金融机构发出撤销汇款的要求，并及时保存有关票据和印鉴。如果费用尚未支付，应及时向收款方发出罚款通知，实施强制收缴，进行支付并收取发票。如果费用支付完毕，但发票未收到，应与发票方进行协商，核实费用是否已付款，以及发票是否被遗漏发出。 此外，应及时记录费用支付及收取发票的具体信息，以便以后审计时能够及时找到相关信息，防止费用被不正当地支付而造成的损失。