作废电子网络发票的方法有以下几种： 1、由发票开具方进行电子发票作废：发票开具方通过税控软件或者税务机关提供的电子发票管理系统，向税务机关完成作废处理。 2、由购方进行电子发票作废：当购方发现其购买的商品与电子发票不符，可以在税务机关提供的电子发票官网上提出申请作废电子发票，经审核后税务机关将及时进行作废处理。 3、由税务机关进行作废：税务机关会依据相关法律、规定对开具的电子发票进行审核，对发票存在违法行为的，会依法作废处理。 拓展知识：电子发票作废后，发票原号、发票代码和发票号码都失效，不能再次使用，而且作废发票信息会被税务机关公布，以防止发票二次使用。