捐赠防疫物资的物流费应当按照财务会计规定入账，根据相关法律法规，在记账分期项下，捐赠物资的物流费应记入“捐赠费”或“支出”，并贴上“受捐单位的证明”或“收据”等凭证，以备内部审计和税务审计时查询。拓展知识：物资捐赠时还必须注意受捐单位和捐赠方之间是否有收入冲抵成本的关系，以及捐赠方影响受捐单位的行为是否属于不正当行为，以确保有必要的公平性和公正性。