抵扣认证处理步骤如下： 1.首先，根据总公司和分公司的税收关系，确定税务负责人，向税务机关备案登记，并提供企业的税务登记证明； 2.然后，根据税收关系确认纳税人，并以纳税人识别号申请，向国家税务机关申请一般纳税登记证； 3.接着，在购买车辆的时候，把税务登记证和一般纳税登记证提供给经销商，以此来抵扣缴纳车辆购置税； 4.最后，在缴纳车辆购置税时，将税务登记证明提交给发票领取单位，以证明购买车辆的资格。 以上就是办理抵扣认证的具体步骤，希望能够帮到您。