上海代扣代缴增值税和企业所得税的操作流程： 一、首先企业要获取上海税务机关发放的社会信用代码证书。 二、然后在上海税务机关网站进行税务备案登记，并按要求正确填写好登记信息。 三、进行银行开户操作，开设一个专属于该企业的对公账户。 四、登录上海税务机关网站完成企业在线申报注册登记，确认开办企业所要交税费种及征收额度，完成增值税代扣代缴及所得税代扣代缴账户的申请。 五、联系上海税务机关客服，将银行开户资料、登记信息及企业信息提交给客服，由客服审核资料通过后，开启增值税代扣代缴及所得税代扣代缴业务。 六、完成上述步骤，可上线使用上海税务机关网站，实现在线缴纳增值税及所得税代扣代缴业务。