根据《中华人民共和国税收征收管理法》相关规定，一般情况下，如果经营所在地已经缴纳了增值税及附加，而项目所在地又要求补缴，则补缴税款不可以申请退还。 原因是，根据《征收管理法》的规定，该税款的有效的税收管理区域应该在项目所在地，因此税款应该由项目所在地收取，而经营所在地只是作为备用地收取了相同税款；另外，如果多方都收了这一税款，那么会极有可能涉及到重复征收的问题，所以当项目所在地发起了补缴要求时，依据规定项目所在地是应当补缴的。 因此，当项目所在地发起补缴要求时，经营所在地已缴税的情况下，不可以申请退还，主管税务部门将酌情处理。