6月发5,6两个月工资扣除数应该是5000,即在发放5月及6月的工资时，应该从总的税金中减除5000元，而不是10000元。这是因为根据《个人所得税法》，应当按月或按季度来征收个人所得税：一个月或三个月内应除实际工资额之外，还应从实际工资额除去2000元。由此可知，5000元是正确的扣除数。 拓展知识：个人所得税主要依据《个人所得税法》确定，它是一种按时间计税的方式，按月或按季度来征收，是一种实时缴纳的方式。