自然人独资企业在年末对股东进行分红时，是否要缴纳20%的股东分红税，取决于企业的分红方式及主管税务部门的规定。从税法来讲，股东分红需要缴纳20%的分红税，这一税收征收标准由企业和主管税务部门商定，一般是15%或20%。 以某家私营企业为例，其股东在本财年度内实现了盈利，且资金够支付分红。该企业拟将分红支付给其股东，此时依据税法，股东分红税率视其分红方式而定，如果采用“按实际营业利润额减去所得税额”方式分红，则应按20%的比例缴纳股东分红税；但如果采用“按纳税人主营业务收入成本总额减去采购等现金净额”方式分红，则应按15%的比例缴纳股东分红税。另外， 税法还规定，大份额股东或控股股东分红额应满足一定条件，以作为减少股东分红税的条件。 因此，自然人独资企业在年末对股东分红时，具体是否要缴纳20%的股东分红税，就取决于企业的分红方式及主管税务部门的规定。