对于注册非独立核算分公司，员工的工资是可以不由分公司发放的，但是，由于分公司是参保单位，因此必须通过分公司来实现社保缴费。而个税仅仅和缴费有一定的关系，但是并不是一定要通过分公司来实现缴纳，由主体公司一起缴纳可能更加经济合理。 至于分公司是否可以单独建账，根据《企业会计准则》第82条规定，经营活动结果无法确定，或者存在主要属性上的明显差异，而存在实质性经济关系，企业需要将其划分为独立核算项目。在不改变注册分公司变更前提下，分公司可以自行建账，但是具体说来，还是要对分公司的业务特点进行评估，根据实际情况来决定双方的建账方式。