小规模纳税人在处理货款3万，支付另一方6万的进项发票的账务时，应首先对进项发票进行核实，确认是否是真实交易和是否符合规定。收到进项发票后，可以以贷方3万元，借方6万元，建立记账凭证，进行内部核算。比如进项发票的货物被作废时，可以建立以贷方3万元，借方6万元，理财收入5万元的记账凭证，将其中5万元用于报销费用。 举个例子来说，一家小企业通过6万元的进项发票购买了3万元的货物，在进行核实后，应当建立以贷方3万元，借方6万元的记账凭证，将其中的3万元支付给对方，剩余的3万元用于短期投资理财，获得收益并减少账面支付给对方的金额，从而赢利。 总之，小规模纳税人在处理账务时，建议应首先对进项发票进行核实，确认是否是真实交易和是否符合规定，然后建立以贷方3万元，借方6万元的记账凭证，将收入5万元作为报销费用，用于短期投资理财，以获取收益并减少最终支付给对方的金额。