农民工工资通过工资专户发放对于个税征缴是有一定影响的，因为根据财政部《关于财政上支付农民工工资办法的通知》，农民工在工资专户支付收入受理单位办理代发协议后，可以由单位代为报送缴纳个人所得税，但是离职后农民工也应该按照规定自行申报缴纳税款。 拓展知识:国家正在推行“协议支付”方式，以方便农民工的收入和财务管理，财政部出台的《关于财政上支付农民工工资办法的通知》，允许农民工在工资专户支付收入受理单位办理代发协议，单位将代为报销农民工的个税。 应用案例：如果一个工厂有农民工，将可以通过工资专户签订代发协议，由单位代为为农民工报销个税。这样可以大大提高农民工收入，同时也让企业和农民工更好地管理财务及收入。