负数开具的电子发票需要入账，通常指的是扣减款，例如客户付款后，如果超出应付款金额，可以开具电子发票进行抵扣，此时电子发票为负数，负数开具的电子发票也是需要入账的。其入账方式为：贷方增加“预收账款”，借方增加“应付账款”，把客户抵扣掉的金额放到应付账款科目里，由于是负数开具，所以发票金额要填写为负数，表示客户垫付费用，然后开具负数发票，此时客户仍然有预付款金额，该笔金额可以用于以后的购买消费，但同时要做到及时更新、核对和归档电子发票，保证交易的准确可靠。