勾选认证发票一般在发票税控盘和企业上传发票结束后，税务机关审核通过后进行勾选认证。税务机关会核对发票是否可扣非抵扣、扣税、可开增值税专用发票等身份，一般用计算机系统自动判断，并以“拒绝”或“通过”的状态反馈给纳税人。举个例子，某企业购买特定商品时，可以贴现发票中的“应税项目”和“不可扣非抵扣项目”来享受税收优惠，但是在使用这类发票前，需要进行勾选认证以确保发票的真实性，政府可以由此确保发票的真实性，促进税收公平得到保障。