农业合作社的个人所得税申报一般采用用自然人扣缴端报的方式。由于农业合作社的主要业务是经营自有财产，所以在计算个人所得税时，应当优先采用用自然人扣缴端报的方式。通过改善农业合作社的财务处理效率，提高收入，减少税收，确保实现集体经济可持续发展。 拓展知识：为了更好地提高税收，促进农业合作社的发展，农业合作社可以通过改善财务管理系统，更好地控制成本，减少投资成本，给社员提供更优厚的福利，使农业合作社的活动更加稳健安全。 应用案例：某农业合作社本着为农民谋福利、提高收入，改善财务管理系统，建立一套全面合理的完善的财务报表汇总分析和分析判断体系，从而提高会计算按个人所得税申报效率，并降低了个人所得税缴纳成本。