考勤扣款的记账方法，一般是在计提工资的时候，减去对应的考勤扣款，这个应从应发工资中减去，同时，需要增加一条贷方分录，将扣款记入应收应付账款。而在发放工资时，需要从实发工资中减去考勤扣款，同时，需要增加一条借方分录，将扣款记入应收应付账款。此外，在计提工资准备金及发放工资时，对以上会计分录可能都要做出调整。总之，考勤扣款的记账，就是将所有的考勤扣款都记入应收应付账款，根据应收应付的科目和金额，作出相应的会计分录。