如果您想将建厂房的费用纳入以后公司B的抵扣或是费用摊销当中，您可以先进行企业的注册登记，在注册登记过程中，在建厂房和以后公司B的投资方间签订投资协议，将建厂房的费用摊让给公司B，使公司B有权使用该厂房，并享受投资方的费用抵扣或摊销。如果在建厂房和以后公司B的投资方不一样，您可以在投资协议中，明确交易双方的权利、义务和责任，同时确认投资方支付的费用和公司B使用厂房的权利内容等内容，以确保公司B可以在费用抵扣和摊销方面得到保障。