税务机关退回来的税款，应当由付税人在《增值税和附加税申报表》对应当期申报项目、栏次，进行复核修改后，按照规定的权限等级确认退回的税款，一般是税务机关进行确认，而把退回的税款录入到账务系统中，一般由会计部门完成，应当按记账凭证登记在“应收税款”科目，税金会计处理完毕后，再按合同或协议等约定，进行实际退税处理，向付税人退还现金或通过转帐等方式进行税款的退款。