出现这种情况，建议你先向税务机关提出申报补税的申请，以便为员工减免额外所缴税款。一般这种情况申报补税要提供有效材料证明才能减免，有效材料可以提供个人收入证明，个人所得税收入证明，工资发放记录等。如果税务机关没有及时更正税务支出，请为当事人准备相关有效证据，在税务机关审核通过后，委托公司减免税款。此外，建议公司可以在申报个税时实施严格的审核机制，有效预防类似税务事故的发生。