对于小规模二季度开错了1%的专票而申报按3%的情况，会计可以按如下步骤处理： 1.应当先将1%的专票金额按实际应纳税额纳税。 2.发票缺失或开错的1%的专票，可以申请补开，或者根据财务账单进行申报。 3.有必要的话，也可以向税务机关申请减税，申请减税须有详细的财务信息作为证据。 4.专票开具错误时，应做好错误登记薄记录，并准备好相应材料。 5.通过上述方法，将专票的正确申报与缴纳税款得以正常完成。 扩展信息：个人缴纳税款时，有时会出现发票缺失、金额错误等情况，此时应及时根据实际情况，采取相应的措施以保障纳税正常完成。