一般纳税人缴纳电子发票的税控软件年服务费699元不能作为税控免税项目在纳税申报表中申报免税。根据《中华人民共和国企业所得税法》规定，企业纳税人申报的税控免税项目包括：一是依据本法、财政部、国家税务总局规定，依法实施税收优惠的生产经营支出；二是购买财政部批准的小型微型汽车，发生的支出；三是符合条件的捐赠支出；四是符合条件的科技支出。自然人纳税人还可以申报其他税收法规规定的税控免税项目。 拓展知识：在出纳操作时，可以根据收支款项的类别进行归类，如收入分类为销售收入、投资收入等，支出分类为工资、税控等，以便明确发票的作用，归类清楚，利于税务登记和税收报表的编制。