您好，按照个税相关规定，若企业职工在个税APP中提交的专项附加扣除申请，系统存在问题未能同步到自然人电子税务局扣缴端，则应该在对应的月应纳税所征缴的增值税纳税申报表中，补充填写该职工个人专项附加扣除明细，方可完成纳税登记，从而实现职工个人所得专项附加扣除。需要说明的是，职工应当保存自身个税APP上关于专项附加扣除的有效凭证，以备查验。 拓展知识：专项附加扣除是一种税收优惠政策，由政府制定相关的法律法规，旨在减轻中低收入者的税负负担，以促进财政的稳定和增加个人收入，从而促进经济的发展。专项附加扣除包括子女教育、继续教育、住房贷款利息等项目，具体政策及执行标准根据地区及时间不同而有所不同。