小规模纳税人开具发票的编码为54050000，其中“54”代表服务、销售和费用，“05”代表其他服务、销售和费用，“0000”为财政部根据国家财政部文件，为不同服务、销售和费用细化编制的代码，用于标识增值税税种。具体而言，水资源论证报告编制费用的编码应为54052100，其中“54”代表服务、销售和费用，“05”代表其他服务、销售和费用，“2100”为财政部细化编制的代码，用于标识水资源论证报告编制费用增值税税种。例如，在杭州市百家财务通系统中，开具水资源论证报告编制费用发票时，编码填写为54052100。