根据相关主管部门的规定，联营合同中的利润应按普通征收方式开具发票。这是因为，联营合同留出的利润实际上属于一种中介活动，主要是为客户提供双方委托事项的居间服务，不属于加工制造、建筑安装、运输、大宗商品批发等能够按照差额征收方式开具增值税发票的行业。 拓展知识：联营合同是由两个独立的经营者合作，分别为联营合同一方和另一方，共同建立财务联盟形式进行联合经营，以保证双方共同盈利，实现双赢的合作方式。