是的，可以抵扣500。根据《中华人民共和国发票管理条例》第三条规定：对于符合有关凭证税务登记等规定，经税务机关核定发票金额真实、有效，可以合法使用的增值税专用发票，纳税人可根据其可抵扣项目的金额，采取分次抵扣或者一次性抵扣的方式。因此，你在具体的抵扣情况中，可以采取分次抵扣的方式，只抵扣1000元中的500元，剩下的500元也可以抵扣，但一定要按照规定的抵扣流程来进行，以免造成政策违规。