是的，年末全年核算亏损的小规模企业可以申请退税。首先，小规模企业当年应纳税所得额为亏损，但之前已缴纳税款的，可以申请退税，申请时应提供当年各月应纳税所得额及实际缴纳的所得税金额的凭证；其次，年终核算发现小规模企业亏损时，小规模企业应向当地税务机关按规定申请多缴税款的退税；此外，亏损企业当月应纳税所得额为亏损的，也可以申请退税；最后，小规模企业的会计师在汇算清缴时也可以向税务机关申请退税。 拓展知识： 如果小规模企业提出申请，并准备相关证明文件，但仍遭到拒绝的情况，可以从两方面解决： 1. 向相关部门投诉，及时处理小规模企业退税申请； 2. 进行检查，如果发现存在违法行为，才纳税人有权向税务机关申请多缴税款的退税。