留底退税并不等于全额退税，一般而言，只会退还一部分税款。例如，对于某家公司本年度的留底退税金额为60万元，但因为其他公司未付税款以及递延税款等此类原因，国家决定该公司只可以退回50万元税款，剩余10万元税款将被作为财政储备留存。因此，留底退税并不表示公司可以全额退还税款，而是一种保护机制，也是对公司对税款留置的一种有限补偿。