个体工商户个人经营所得的税款应当在自然人扣缴端报税。首先，需要完成“纳税人登记”程序，将登记信息录入系统中。其次，需要填写报告性文件《企业所得税月(季)度汇算清缴申报表》，并将汇总缴纳明细传输到税务机关的电子平台上。最后，需要按照要求提供有关文件，例如原始发票、月(季)度银行对账单等。通过完成以上步骤，个人经营所得的税款就可以在自然人扣缴端报税了。