根据《企业所得税法》规定，印花税应当依据纳税人实际签订的合同价格缴纳，而不应当按发票的金额缴纳，因此，这笔合同应缴纳100万元印花税。拓展知识：印花税是企业和单位在进行债权、债务和买卖转让合同时，财政部门收取税款的一种税种，一般认为是固定税率征收，但从实践中发现，以印花税税率分为低税率和高税率，实际的税率时可以根据合同种类及印花税的征收税率有所不同。