行政事业单位的应缴财政款与应交税费的区别在于，应缴财政款是指向国家财政支出提供资金的款项，是国家财政收入的一部分。而应交税费则是指由行政事业单位依法应交的一定比例的款项，用于财政支出。这些款项大都汇入国库，但有一部分特定的税款则汇入地方政府或者其他扶助对象之中。 应缴财政款主要是政府在改革、发展和维护国家经济利益时必要的财政资金，而应交税费通常由国家税务主管部门征收，主要是为了补充国家和地方财政支出所需的资金。 拓展知识： 税则法指南》所规定，应缴财政款包括企业所得税，进出口关税，资源税，增值税，土地增值税，地方税及其他税项，应交税费则包括营业税，消费税，资源税，房产税，车船税，印花税和其他税项等。