在5月份以后，因有系统问题未能及时缴纳社保，而已缴纳部分社保金额在下个月归还的情况下，工资申报个税时社保应当填实际缴纳金额，发工资的时候个人社保部分也应扣实际缴纳的金额。 拓展知识：请按规定缴纳社保和个人所得税，是法律规定的职责，也是每个公民的义务。未能及时履行缴纳义务的，除了会被相关部门处以罚款和行政惩罚之外，甚至可能还会影响到其贷款、投资活动等。