首先，应该要求员工提供个税App里作出专项附加的收据，并核实是否正确。其次，如果收据是正确的，应该要求员工在系统中进行相应的记录，以记录纳税人作出专项附加扣除。最后，要及时更新企业的系统，以确保能够更准确地反映员工的个人所得税缴纳情况。 拓展知识：专项附加扣除是一项由国家规定的扣除项目，采取专项附加扣除可以有效减少企业和个人的税负，从而改善经济环境。