是的，网约车公司自拥有的新能源车辆也需要缴纳车船税。根据我国《道路运输税收管理条例》，在注册、使用新能源汽车上路行驶的，都需要在每年4月到翌年3月期间办理车船税缴纳手续。车船税的税率，一般根据车辆的实际售价以及发动机排量来确定。 拓展知识：在缴纳车船税时，除了缴纳车辆实际价值对应的税额以外，还需要额外缴纳机动车车船税附加，按照规定，每年机动车车船税附加为车辆原值的2%。