如果有专票没有抵扣完，应当及时向税务机关申报，并且在注销税务登记的材料中予以说明。此外，可以将所有未抵扣的发票金额在合同末尾做0元处理，在注销税务登记时可以视作结清。 关于公司亏损，主管税务机关应当根据具体情况，查阅财务会计资料等，进行审核，经审核确认后才能准予注销税务登记。 拓展知识：在注销税务登记时，应当提供有效的证明文件，包括营业执照、组织机构代码证复印件以及涉税业务凭证复印件等，以便税务机关进行审核。