当一个公司雇用员工时，它需要计算员工工资所负有的费用，这包括保险缴费和公积金缴费，此外还有其他费用，例如社会保险和公积金。在您提出的情况中，工资12000，保险缴费基数 5000，公积金缴费基数 4000，公司在对雇员的工资结构分析中，需要先从应发的总工资中扣除费用，保险5000，公积金4000，然后再计算个人所得税，根据当前税法，基本工资12000减去费用9000，则应缴税额应该是3000，但这个个人也可以根据税收优惠政策来减免税款，以减轻公司的负担。