增值税留低，税管员让申请退税，分录的具体操作为： 先分别做两条分录： 1.借：借方科目为应交税费，金额为申请退税金额； 2.贷：贷方科目为现金，金额为申请退税金额。 拓展知识：增值税留低指的是由于实际应纳税额低于税费表上税率，造成税款支出过低的现象。其实申请退税，也可以通过税务机关抵扣的方式，来实现退税的要求，避免出现现金流不足的情况。