专用发票章盖倒了是有影响的，特别是对税务部门审核税收凭证时会造成困扰。首先，把发票章盖倒了会导致发票上的信息不清晰，出现变形，严重时会影响到发票的正确识别，导致税务部门无法正常审核发票内容，从而延误税收结算。其次，倒盖的发票有可能被税务部门认定为伪造发票，而由此引发的后果将会是当事人承担重大的责任。因此，专用发票的使用者应当细心检查发票章盖状态，如果发现有发票章盖倒了的情况，需要立即做出更换，以确保发票的正确使用。