在这种情况下，你公司需要做的最好的处理办法是将收到的款项记入应收账款，并将款项转移到应纳税款科目，成本发票也需补足发出，并确认应收账款是否已经销账，并将确认收入转入收入小计科目，按正常步骤向税务机关申报缴纳税款。 拓展知识：企业在处理应收账款时，要特别注意到款项合同约定的付款方式，以及客户的信用情况，合理安排付款时间，规避合同纠纷的发生，同时要仔细核对收款账户，以免出现款项流失。