处理误给员工发了两次工资的方法包括： 1. 与员工沟通：首先，要尽快与员工沟通清楚，说明情况，要求员工将多发的工资金额归还给公司。 2. 额外扣除：如果员工不同意归还，公司可以采取额外的劳动权益扣除的方式，即将其未来的工资扣除多发的金额，直至补回多发的金额。 3. 内部追偿：如果员工由于某些原因不能正常与公司沟通，公司可以采取内部追偿的方法，即给相关部门发放公函，要求补回多发的工资金额。 4. 法律手段：如果上述方式无法达成和解，公司可以采取法律手段，向法院申请保全等手段，追究相关人员的责任。 拓展知识：为了避免出现此类情况，企业可以采取完善内部控管措施，将薪资发放的流程和程序交由专人负责，强化审核机制，建立双重验证机制，保证薪资发放的准确性。