公司之间的往来款如果备注为投资款，应当遵循相关的国家财税法律和相关法规，进行合理的登记处理，确保账务准确性。首先，需要确认投资款的来源和使用目的，通过对投资款细节的记录，确认投资款的详细处理方式，进行有效的报表登记并新建专户记账；其次，在登记投资款时，需要准确核实投资款的来源和使用方式，以及投资风险；此外，应根据不同投资项目的不同投资周期以及相关规定，对投资款的收支情况进行定期检查，确保投资款的合理管理。