农民专业合作社申报个税所得税的流程是：首先要在财政部门的指定网站上进行网上申报，财政部门会根据该财政部门条例规定的税率，录入个人与专业合作社的纳税信息，确认申报材料的有效性；然后，合作社需收集所有个人与专业合作社的缴费凭证，拿到缴费凭证后，合作社可以将收据和申报材料一起送交财政部门；财政部门会审核所有材料和凭证，根据申报材料数据计算个人与专业合作社的所得税。最后，合作社可以缴纳所得税，收到财政部门的确认后，个人与专业合作社将完成个税所得税的缴纳程序。