办理食品小经营店备案证注销步骤如下： 1、营业执照变更。首先，持有过期的食品小经营店备案证的单位或个人，需要到所在城市的市场监督管理行政机关进行营业执照变更，将原有的营业执照上的食品小经营店备案证变更为为其他资质。 2、经营许可及相关单证的销毁。之后，变更后的单位或个人，需要将原有的经营许可及相关单证提交给市场监督部门，进行封存和销毁。 3、备案证办理。最后，该单位或个人需要办理相应的注销业务，将食品小经营店备案证正式注销。 拓展知识：食品小经营店备案证的办理，是因为它的业务范围有限，不能满足流通过程中的危险因素管理，从而需要向市场监督管理行政机关事先登记和备案，以确保食品安全。