处理入库单金额比付款金额大的问题，可以采取以下几种处理方式： 1. 如果入库金额比付款金额大，就将多余的金额存入公司的备用金中，以备以后使用。 2. 根据入库单内容，决定是否调整金额以满足付款要求。 3. 以冲正的形式处理，将入库单进行冲正，重新进行下一次付款。 拓展知识：冲正是指企业在系统中重新审核、整理账户明细记录，或者发生金额不符合预期，或补充原来未审核完整账目等原因，引起账户收支明细纪录不准确，以及存在记账可以上的错误时，需要对原记账的数据进行反向处理的操作。